Η επιλογή για εμβολιασμένο φυτό στο πεπόνι γίνεται κυρίως στα εδάφη με μεγάλου βαθμού μόλυσμα από Φουσάριο και Βερτισίλλιο, όπου ακόμη και οι ανθεκτικές ποικιλίες πεπονιού δεν έχουν τη δυνατότητα να ανταπεξέλθουν στην "πίεση".
Επίσης, επιλέγεται εμβολιασμένο φυτό στις πρώιμες φυτεύσεις για μεγαλύτερη ανεκτικότητα στις χαμηλές θερμοκρασίες (περιβάλλοντος και εδάφους). Για παράδειγμα, στην Δυτική Πελοπόννησο σε όλες τις φυτεύσεις χρησιμοποιούνται εμβολιασμένα πεπόνια διότι καλλιεργούνται συστηματικά κάθε χρόνο τα ίδια χωράφια και το μόλυσμα είναι πολύ μεγάλο.
Στην Κρήτη στα θερμοκήπια το ποσοστό εμβολιασμένων πεπονιών είναι πολύ μικρό διότι τα εδάφη απολυμαίνονται κάθε καλοκαίρι με ηλιοαπολύμανση, που είναι και η πιο αποτελεσματική απολύμανση εδάφους. Οι παραγωγοί επιλέγουν εμβολιασμένα πεπόνια κυρίως στις πολύ πρώιμες φυτεύσεις ή όταν δεν έχουν κάνει απολύμανση εδάφους.
Ποια είναι τα κριτήρια για την επιλογή του κατάλληλου υποκειμένου
1. Εποχή φύτευσης
Στις πολύ πρώιμες και πρώιμες φυτεύσεις (χειμερινές) είναι απαραίτητο το φυτό να είναι δυνατό, με πολύ ισχυρό ριζικό σύστημα, έτσι ώστε να μπορέσει να αναπτυχθεί και σε χαμηλές θερμοκρασίες. Εκεί επιλέγεται υποκείμενο "Cucurbita Maxima x Cucurbita Moschata" (Κολοκύθι), το οποίο συμβάλλει στην ανάπτυξη ισχυρού ριζικού συστήματος.
Στις ανοιξιάτικες και καλοκαιρινές φυτεύσεις επιλέγεται υποκείμενο πεπόνι (Cucumis melo), υβρίδια πεπονιού με πολύ μεγάλο εύρος ανθεκτικοτήτων που πλέον διαθέτουν οι περισσότερες εταιρείες λαχανοκομίας παγκοσμίως.
2. Εδάφη
Όσο πιο άγονο και επιβαρυμένο σε μολύσματα είναι ένα έδαφος τόσο πιο αναγκαία είναι η επιλογή κολοκυθιού (C. Maxima x C. Moschata). Όσο πιο παρθένο και πλούσιο σε οργανική ουσία και λιγότερο επιβαρυμένο είναι ένα έδαφος προτείνεται υποκείμενο πεπόνι.
3. Συμβατότητα – πιθανές φυσιολογικές ανωμαλίες
Με υποκείμενο πεπόνι επιτυγχάνεται 100% συμβατότητα (2 ίδια είδη), το οποίο αποφέρει άριστα ποιοτικά και οργανοληπτικά χαρακτηριστικά της ποικιλίας που καλλιεργείται. Είναι ο πιο διαδεδομένος εμβολιασμός πλέον παγκοσμίως γιατί υπάρχουν και τα κατάλληλα υποκείμενα.
Με υποκείμενο κολοκύθι (C. Maxima x C. Moschata) το φυτό είναι πιο δυνατό και εύρωστο, αλλά δεν επιτυγχάνεται πλήρης συμβατότητα (διαφορετικά είδη). Το θετικό σε αυτή την περίπτωση είναι η δύναμη και ανοχή στις χαμηλές θερμοκρασίες και η αυξημένη πιθανότητα για μεγαλύτερη παραγωγή.
Έχει ωστόσο και τα αρνητικά, όπως χαμηλότερα ποιοτικά και οργανοληπτικά χαρακτηριστικά και πιθανή εμφάνιση της κύριας φυσιολογικής ανωμαλίας του εμβολιασμένου πεπονιού κατά την διάρκεια της καλλιέργειας, του ξαφνικού θανάτου (κατάρρευση του φυτού όταν αλλάζει ο καιρός και γίνεται από ψυχρός σε θερμός και το φυτό είναι φορτωμένο). Οφείλεται κυρίως στην έλλειψη συμβατότητας εμβολίου – υποκειμένου.
